Generalsekreteraren är Naturskyddsföreningens högste tjänsteman och rapporterar till styrelsens ordförande. Sedan mars 2017 är Karin Lexén generalsekreterare. Hennes månadslön är för närvarande (april 2021) 74 500 kronor. Pensionskostnad enligt kollektivavtal. Hennes lön ändras årligen motsvarande genomsnittet i Arbetsgivaralliansens kollektivavtal. Ingen ersättning för övertid, jour, restid eller obekväm arbetstid utgår. Årskort på SJ betalas av föreningen och förmånsbeskattas vid privat bruk.
Avtalet med generalsekreteraren gäller till den 12 mars 2022 då det upphör. En uppsägningstid på sex månader gäller dessförinnan. Om Naturskyddsföreningen säger upp avtalet kan styrelsens ordförande arbetsbefria generalsekreteraren under uppsägningstiden. Inget avgångsvederlag utgår vid uppsägning.